协议签署第二日清晨，热兰遮城大开城门，荷兰人正式投降，明军正式开进了城内，标志着这场战争终于结束了。
而随着卡隆的投降和战争结束，明军也遵守承诺，没有对岛上的荷兰人进行秋后算账，更没有进行任何报复行为。同时，明军还交还了被俘虏的荷兰人两艘战舰，让卡隆和雅各布等人同他们的部下携带自己的财物登上这两艘战舰离开小琉球。
当然，这两艘战舰的舰炮什么的基本都被施大瑄拆除了，除留下两门自卫炮外，其余的舰炮都成了明军的战利品。至于热兰遮城储备的大量粮食和其他军械补给也全归明军所有，至于财富方面，除去荷兰人带走的自己私人财物，其余部分也都是明军的缴获。
收复小琉球一战，从厦门出兵到战争全部结束仅仅只有一个月的时间，甚至等卡隆他们离开小琉球的时候，巴达维亚的东印度公司才刚刚接到求援消息，还在讨论如何增援小琉球呢。
相比历史上郑成功收复此地，动用了几乎相同的兵力却了前后足足八个多月的时间而言，施大瑄所用的时间不仅少了许多，而且明军的战损和消耗也是天差地别。
其中关键的原因有几点，一来现在的荷兰总督不是揆一而是卡隆，相比能力不弱，出身普通的揆一，卡隆只是一个夸夸其谈的贵族，从一开始就没坚定的守城信念，他考虑的只是自己的安全。
二来，无论是热兰遮城还是安东尼堡，由于战争爆发提前了十年左右，两处的坚固程度不是后来能比的。
三来，这一次明军是打了对方一个措手不及，洪承畴虽是读书人，也是正牌子进士出身，但他却不迂腐，很明白兵贵神速的道理。所以开战之前并没有和郑成功那样搞得大张旗鼓，更没有先通知对方自己要开战了，给了荷兰人做好准备的机会，而是直接从厦门出兵，攻其不备出其不意，一举拿下了澎湖和台江，而不是像郑成功那样失了先机，明知道台江更为合适但因为荷兰人已有防备没办法正面攻打，只能选择水域复杂危险的鹿儿门，假如不是运气好，说不定郑成功连登岛的机会都没呢。
至于其四，就是这场战争的灵活运用了。洪承畴作为总指挥在开战前就考虑了诸多问题，并向施大瑄做了交代和安排。而施大瑄因为第一次受如此重用，再加上他的谨慎和执行力，很好地贯彻了洪承畴的意志，这才有现在的结果。
反观郑成功，郑成功不仅失了先手，不仅在攻打澎湖列岛的战斗中就和荷兰人硬碰硬先打了一场海战，虽然战胜可自身也遭受了损失。然后因为没办法从台江登陆，只能选择鹿儿门，虽然很幸运碰上了鹿儿门涨潮完成了登陆，可其中也耽搁了些时间。
等到郑成功登陆之后，热兰遮城和安东尼堡两处的荷兰人已经做好了完全准备，严阵以待等着他到来了。
在之后的攻城战中，缺乏火器火力的郑成功虽然兵力占优，可却始终没能达到压制性的优势。随着时间的推移，郑成功的部队不仅损失不小，还因为后勤的缘故遇到了许多麻烦，再加上之后巴达维亚的荷兰援军赶到，双方又在海上展开大战，最终郑成功费了九牛二虎之力才击退荷兰援军，重新集中力量继续进攻热兰遮城和安东尼堡。
在之后的战争中，郑成功越打越是心急，最终用人命填出了一道缺口，拿下安东尼堡。虽然拿下一城，可当时的郑成功的战损极大，面对这样的战损郑成功大怒，根本不顾部下的劝说否决了借这个机会劝降荷兰人的意见，一意孤行要乘胜追击彻底打破热兰遮城，叫嚣着要杀光所有的荷兰人。
原本能通过外交手段就能逼迫荷兰人投降的，可因为他的这个决定逼的热兰遮城的荷兰人为了自保只能和郑成功拼命。就这样，前前后后打了大半年，热兰遮城始终拿不下来，郑成功的损失越来越大，也越发烦躁。
在这种情况下，渐渐冷静下来的郑成功也反应过来自己的错误，明白依靠武力强行攻破热兰遮城短时间是不可能了，就算最终打下来自己也是损失惨重，从而得不偿失。
鉴于这个情况，无奈的郑成功只能和热兰遮的荷兰人展开谈判，而这时候筋疲力尽的荷兰人包括最高行政长官揆一也清楚知道继续战下去就是全军覆没的下场，既然郑成功愿意网开一面，那么他也不会拒绝这个机会，就此双方在进行了一番谈判后最终达成协议，确保荷兰人的生命财产安全，礼送他们离开小琉球，揆一下令放下武器投降。